Dot-Blot-Analyse
Es gibt zwei zur Analyse eines Dot-Blot in ImageJ in Methoden gebaut. Die erste ist, jede Zeile als eine horizontal „Spur“ zu behandeln und ImageJ des Gelanalyse-Funktion verwenden. Die zweite ist, den Hintergrund und messen die integrierte Dichte jedes Punkts zu subtrahieren.
Dieses Dot-Blot-Bild ist in der Datei / Öffnen Samples Menü in ImageJ 1.33s oder höher verfügbar.
Abbildung 2. Profilplots.
Dies ist, was Sie bekommen, wenn Sie jede Zeile in dem Punkt behandeln auslöschen als eine horizontale „Spur“ und das Gel Analyseverfahren in der ImageJ Handbuch verwenden. Die Zahlen an jedem Peak sind die Größe des entsprechenden Punktes als Prozentsatz der Gesamtgröße aller Punkte. "Invert Peaks" in der Analyse / Gel / Gel Analyzer Optionen-Dialog wurde aktiviert Spitzen des Kopfes, um zu vermeiden.
Abbildung 3. Profilgrund ersten Reihe.
Bei der zweiten Methode, messen Sie die integrierte Dichte jeden Punkt durch umreißt und mit Hilfe der Analyse / Messe Befehl. Diese Methode erfordert in der Regel Hintergrundkorrektur des Bildes, das den Prozess / Subtract Background Befehl getan werden kann. Abbildung 3 enthält Profilstück (Analyse / Plot Profile) der ersten Reihe von Punkten vor und nach der Hintergrundkorrektur wurden mit dem Subtract Background-Befehl mit dem Rollkugelradius auf 25 Pixel eingestellt getan.
Nachdem die Hintergrundkorrektur aktivieren „Integrierte Dichte“ in Set Messungen analysieren /. erzeugt eine kreisförmige Auswahl, zieht es über den ersten Punkt, drücken Sie „m“ (Analyse / Measure), dann wiederholen für die anderen 27 Punkte. Beachten Sie, wie das Bild jetzt einen schwarzen Hintergrund hat? Es wurde invertiert (Bearbeiten / Invert) so Hintergrund Pixelwerte sind in der Nähe von Null, die für die korrekte Berechnung der integrierten Dichte erforderlich ist. Sie können die Lookup-Tabelle (Bild / Lookup Tables / Umkehren LUT) invertieren das ursprüngliche Aussehen des Bildes wiederherzustellen. Die „Use Invertierung Lookup Table“ im Bearbeiten / Optionen / Bild wird die Pixeldaten invertieren und die Lookup-Tabelle invertieren.
Abbildung 5. Ergebnisse Plots (A) und integrierte Dichte (B) verwendet wird.
Die erste Spalte in dieser Tabelle enthält die integrierten Dichten (als Prozentsatz der Gesamtzahl) der 28 Punkte, die Gelanalyse Prozedur bei rsb.info.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#gels gemessen. Der zweite enthält die Ergebnisse, die durch die Hintergrundkorrektur tut Prozess / subtrahieren Hintergrund verwenden. „Integrierte Dichte“ in Analyse / Set Messungen auswählen. und dann Messen jeder der 28 Punkte, die eine kreisförmige Auswahl verwenden.